Nas minhas andanças pelos clientes, muitos me questionam sobre o mecanismo de persistência ideal.
Abaixo vou manifestar as minhas opiniões.
Caso você possa e queira deixar o controle da transação por responsabilidade do portal, voce pode usar o WebSphere Portlet Factory utilizando o SQL Call. Ele usa chamadas JDBC e no geral possui um bom tempo de resposta para operações de CRUD.
Entendo que há casos em que vc. precisa trabalhar com a granularidade de transações no banco de dados e até mesmo compartilhar o desenvolvimento de uma classe de persistencia com outros projetos que não necessariamente utilizem a plataforma de portal.
Para estes casos onde o desenvolvimento parece ser a melhor opção eu recomendo o uso de JPA utilizando anotações. Agora o problema é saber qual JPA Provider é mais adequado ao Portal. Posso adiantar que o melhor JPA Persitence Provider pode variar em função da sua experiencia, caracteristica da sua aplicação ou quantidade de registros.
Aqui vai um link com uma comparação bem interessantes entre alguns dos principais JPA de mercado.
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